普通運賃航空券の場合、日本の国内線は予約がない状態であれば、発券日の翌日より90日間が有効期限となっている。しかし、航空運賃の自由化に伴い、「早割」・「特定便」等の割引運賃が適用される場合には、その便・座席のみが有効とされる。

また、国際線の普通運賃航空券は、予約なし発券（OPEN発券）の場合は発券日の翌日を起算として1年間有効であるが、こちらも割引運賃を適用する場合には、その便ないし座席に限って有効とし、更に旅行の最低必要日数と上限日数を定めることがある。

日本航空(JAL)の規則を基に解説する。ただし、下記解説がすべての航空券にあてはまるとは限らない。

払い戻す際には、取消手数料と払戻手数料が引かれた残額が払い戻される。払戻手数料は、420円である。

取消手数料は、「予約変更」ができる運賃（普通運賃・往復割引など）で購入した航空券を予約した便の出発時刻までに払い戻す場合はかからないが、それを過ぎた場合は所定の取消手数料がかかる。また、「予約変更」ができない運賃で購入した航空券を払い戻す場合は、出発時刻前と後のいずれであっても取消手数料がかかる。なお、出発時刻を境に取消手数料は変化する。

ただし、先得割引などの早期購入を必要とする運賃の場合は、上記に関わらず運賃の半分が取消手数料として必要となる。

航空券は航空会社のほか旅行会社でも発券される。どこで発行されたかは航空券の券面に記載されている。旅行会社での発券は、国内線の場合は航空会社と代理店契約を締結した旅行会社でおこなわれる。国際線の場合は航空会社と旅行会社の数が膨大なので、各国ごとに国際航空運送協会 (IATA)によるBSP(Bank Settlement Plan）とよばれる銀行集中決済方式を取っている。

日本でいえば、BSP JAPANに加盟した航空会社の航空券をBSP JAPANが公認した旅行会社で発券し、決済はみずほ銀行を通じて行なわれる。この旅行会社のことをIATA公認代理店という。

また日本国外の一部の航空会社では、BSP JAPANを通さずに直接日本の旅行会社と契約して発券を委託している場合もある。国内線も国際線も店舗を指定しての契約・公認なので、同じ旅行会社でも航空券が発行できる店舗とできない店舗がある。

近年は、インターネット予約システムの普及で、後述の空港でのチェックインの際にATB券を発券したり、さらには電子航空券が増えており、旅行会社での発券は少なくなっている。

鉄道など陸上交通機関の乗車券と違い記名式である（定期乗車券と同じ）ことが特徴で、券面に記載された者以外は使用することができない。名義を変更することもできない。また記載された区間以外には使用することができない。一つの旅程で航空券が複数枚ある場合は順序どおり使用しなくてはならない。逆行使用（例えば「東京→大阪」の航空券を「大阪→東京」の便に使用すること）も出来ない。

一般に普通運賃を適用した航空券は変更に関して自由度が高いが、割引運賃を適用した航空券は割引の度合いに比例して自由度が低下する。